Guitarra mal entonada

Hola, les comento lo que sucede con mi guitarra:
Cuando toco en los primeros trastes (del 1 al 5) no suena la nota correcta, a pesar de haber afinado la guitarra recien. Tambien he probado que los armonicos en el traste 12 sean la misma nota que la cuerda al aire, en eso no hay problema, solo en los primeros trastes.
¿Qué podría ser?

PD: Mi guitarra es una Squier Stratocaster California Series. Tiene 2 años de uso y las cuerdas tienen unos 3 meses. Pero el problema lo tengo desde hace mucho.

puedes tener un problema en la cejuela...que las cuerdas queden apretadas en la ranura de la cejuela... ...para salir de dudas comprueba la cejuela
http://www.guitarramania.com/index.php/contenidos/luthiers/438-iporque-se-desafinan-las-guitarrasuna-explicacion-tecnic