Duda afinación de notas en el mastil

Hola a todos, tengo una duda y es que me he comprado una guitarra que se supone es buena y cuando la afino con el afinador se me queda perfecta pero cuando conecto el afinador y voy por el mastil marcando notas, en teoría si marco un Do o un Sol el afinador debería marcalo perfectamente...pues no lo hace se van todas las notas una raya y media o dos por encima de lo que en teoría me dice el afinador que es un Do o Un sol, etc. Esto es normal...si me hicieseis el favor de comprobarlo con vuestas guitarras os lo agradecería porque a mi no me clava la nota me dice cuando marco cualquier nota que no es esa exactamente, si marco un Do o cualquiera se va con respecto a la afinación que lleva su correspondiente cuerda al aire y sobretodo en la 6º cuerda.
Gracias y un saludo a todos