No te preocupes, como dice eloxidao puede haber pequeñas diferencias entre unas guitarras y otras por tema de montaje, pero no vas a apreciar grandes diferencias de sonido.
El que los polos no estén alineados con las cuerdas afecta en que la cuerda estará un poco más alejada del polo, y esto supone menos volumen.
En la práctica lo más probable es que no lo notes.
Y en caso de que lo notases, puedes corregir la altura general de las pastillas, y en el caso de la humbucker puedes corregir además la altura de los polos de forma individual, con los tornillos sobre los que pasan las cuerdas.
Yo no me preocuparía demasiado por ello. Lo que sí suele ser habitual es que la altura de las pastillas no esté bien compensada.
Si cuando cambias de una pastilla a otra notas diferencias grandes de volumen, conviene que revises la altura de las pastillas.
Toma una pastilla como referencia, e intenta que el volumen al cambiar sea lo más parecido posible.
Con las single lo haces con los tornillos que están justo por arriba y por abajo de cada pastilla. Girando el tornillo por la parte superior elevas la pastilla por esa zona. Y girando el tornillo de abajo, elevas o bajas la otra zona de la pastilla. Normalmente la pastilla debería estar paralela al cuerpo de la guitarra, pero si tus pastillas hacen que por ejemplo ´chillen´ mucho los agudos, pues la dejas un poco más baja de esa zona...
En el caso de la humbucker corriges la altura general de la misma manera con el tornillo que hay en el medio del plástico, por arriba y por abajo.
Si las pastillas quedan todas muy bajas, el volumen de salida de la guitarra será menor, pero por contra, el campo magnético de las pastillas afectará menos a la vibración de la cuerda.... En algunas pastillas, como las fender texas special, esto llega a ser tan evidente, que si la pastilla está muy cerca de la cuerda parece que tienes metido un efecto de chorus a la guitarra.
A mí personalmente en las strato me gusta tener las pastillas bajas, y dar algo más de volumen en el ampli. Me gusta más el sonido... Pero es cuestión de gustos. Lo importante es que estén balanceadas y que al cambiar de una pastilla a otra no notes diferencias grandes de volumen.
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