Problemas de grabación

Como conectas la guitarra al PC? eso lo primero.
si tienes cubase, graba en limpio y despues le pasa el VST (amplitube o guitar rig).
desactiva todas las entradas que no utilices y en las propiedades de grabacion de tu tarjeta de sonido apaga tambien la "mezcla stereo" a ver si se soliciona.

pues.... conectando asi , el ruido va estar siempre. ¿es un portatil?
echa un vistazo aquí veras que es la peor forma de conectar la guitarra.
aun así, es mas apropiada la entrad LINE que la de microfono.
la entrada del microfono suele ser "activa" y la de line "pasiva. En algunos portatiles se adapta segun lo que conectes, pero en los de sobremesa, no.

pues si no tienes interface (que seria lo mejor) conecta la guitarra a la entrada LINE y no al microfono, seguramente se quite ese ruido que tienes , pero no sonara del todo bien.
y como te dije antes, graba en cubase sin efectos , la guitarra en limpio y despues le añades los efectos y demás, podrás cambiar de efectos las veces que quieras sin tener que estar grabando.
La entrada de microfono lleva tension, ya que el microfono por sí solo no la genera y necesita esa tension, en cambio la line no lleva tension ya que recibe la tension de la señal que metes, para que me entiendas. A la entrada de microfon ole estas metiendo ademas la tension que genera la guitarra.
quizas por eso el ruido, ademas algunos amplis simulados llevan un pequeño "murmullo" al subirle mucho en gain.