Vamos a sacarle un buen sonido a esto...

Pues hombre, en cuanto sonido tienes lo apropiado.
El mustang por usb no se que resultados da , pero tiene una paleta de sonidos bastante importante, por usb será igual, pero sin el altavoz del ampli, que tambien tiene su sonido y es algo a tener en cuenta. Y ten en cuenta tambien con que escuchas la mezcla mientras la procesas, no suenan igual los altavoces del portatil, que unos buenos cascos o unos cascos del mercadona.
Si no encuentras un "sonido" en tu amplificador , puedes usar algun , VST ,como guitar rig , amplitube y demas , seguro que ya los conoces.
Primero intenta encontrar el sonido que buscas con tu ampli, te será mucho mas facil, te ahorraras mucho trabajo despues. Si aun así no das con ello...
Te cuento como yo lo haria, que no tiene por que ser la manera correcta.
desactiva todo efecto y simulacion del amplificador, la guitarra en limpio.
Usar guitar rig , amplitube o el que tengas para crearte un preset con "tu sonido" y guardalo.
Ahora inicias cubase, abres una pista nueva, como siempre.
Esa pista es la que vas a usar para grabar la guitarra EN LIMPIO.
Ahora añades 1 pista mas y pones el backing track o la cancion que vas a usar (arrastrar el archivo a la linea de tiempo de esa pista)y desactivas la grabación de esa pista.
Ahora si le das a grabar, se reproduce la canción y grabas al mismo tiempo la guitarra (te ahorras mezclarlas despues) pero la guitarra la escucharas y grabaras en limpio.
Ahora tienes dos opciones, abrir amplitube (o el programa que uses) con el preset que tenias guardado y escuchar la guitarra a través de ese programa al mismo tiempo que grabas con cubase EN LIMPIO.
O la otra opcion, abrir otra pista en cubase como la que ya tenias para la guitarra y aplicar en esa pista el VST con tu preset, desactivando tambien la grabacion para esa pista.
Sea cual sea el metodo, ahora cuando grabes escucharas la guitarra con tu sonido, pero continuaras grabando la guitarra en limpio. Eso es importante.
Ahora muteas o borras la ultima pista que creaste, no te va hacer falta.
Ya te quedan 2 pistas, la de la cancion y la grabacion de tu guitarra.
Ya solo te queda cargar en la pista de guitarra el VST que usaste y darle al PLAY para escuchar el resultado, al trabajar sobre una pista de guitarra en limpio puedes modificar todo lo que quieras, ajustar la distorsion , añadir eculizador,lo que quieras.
Ya solo queda exportar al formato que quieras, mp3 , wav....
En cuanto al video, si no quieres añadir intro, subtitulos , creditos y demas... puedes hacerlo como lo haces , te queda bien sincronizado el sonido con el video.
Si quieres algo mas elaborado , Sony vegas te servirá, echa un vistazo al enlace que te puso stones29.
Saludos

Desde un principio se trata de mejorar el sonido y con un portatil, bastante limitado en cuanto a recursos.
Como dije al principio, con ese ampli se puede conseguir , solo hay que dedicarle un poquito de tiempo.
Yo tengo capturadora de video tanto en el portatil , como en los de sobremesa, en el portatil , por falta de recursos no hace buenas grabaciones, se entrecorta el video.
En este caso, si usa una camara de fotos para grabar , es por que no dispondrá de otra cosa mejor.
Con una camara de video claro que la cosa mejora y mucho, por ejemplo,ahora los videos de Ociosu en HD se graban con el audio en la entrada de audio de la camara y son la leche!!!
Con sony vegas se puede grabar directamente audio y video y ademas admite plug-in VST, tambien asi se consumen menos recursos y se puede hacer todo con un solo programa.
En funcion de los recursos de que se disponga, asi se "trabaja" de una manera o de otra...