Cambié las ccuerdas y ahora se me levanta el puente

Las cuerdas de mayor calibre, tiran más del mástil.
El ajuste del alma es necesario si el mástil se curva. No tiene nada que ver con lo que suba el puente.
Antes de tocar el alma, asegúrate de que realmente se curvó...

Sobre el puente hay dos fuerzas. La tensión que ejercen las cuerdas por la parte superior, y por otro lado la tensión de los muelles atornillados al cuerpo de la guitarra. Al cambiar el calibre de las cuerdas esas fuerzas se desequilibran, y el puente se mueve en la dirección de la fuerza mayor. En tu caso en la dirección de las cuerdas. Sube el puente.

La solución está en hacer que la fueza del otro lado sea mayor.
La primera opción es tensar más los muelles. Para ello basta con apretarlos.
Como dices que has llegado al tope, hay que hacer que de alguna manera ´tiren más´.
Posibilidades:
- Aumentar el número de muelles. Si sólo tienes 3 muelles colocados, lo normal es que tengas hueco para poner hasta 5.
- Cambiar los muelles por otros más ´duros´.
- Y las dos cosas a la vez... Poner 5 muelles duros.

Después de hacer alguno de esos cambios, es probable que tengas que volver a aflojar los tornillos.

Pues 5 euros como mucho...